Součástí Ústavu vodního hospodářství krajiny je několik laboratoří, které jsou zaměřeny jednak na výuku, ale umožňují řešení dílčích výzkumných prací, souvisejících se zaměřením ústavu.
Pedologická laboratoř
Chemická laboratoř
Vývojová laboratoř
Kriologická laboratoř
jako Ústav vodního hospodářství krajiny